盈天地间皆物也。人受其中以生，生寓于身， 身寓于世。所见所用，无非事也， 事一物也。圣人制器利用以安其生①， 因表里以治其心。器固物也，心一物也。深而言性命，性命一物也。通观天地， 天地一物也。推而至于不可知， 转以可知者摄②之， 以费知隐③， 重玄一实④，是物物神神之深几也⑤。寂感之蕴⑥，深究其所自来， 是曰通几⑦。物有其故，实考究之， 大而元会⑧， 小而草木螽蠕⑨， 类其性情，征其好恶，推其常变，是曰质测⑩;质测即藏通几者也。有竟扫质测而冒举通几， 以显其宥密⑾之神者，其流遗物(12)。谁是合外内、贯一多(13)而神明者乎?万历年间，远西学入⒁，详于质测而拙于言通几。然智士推之，彼之质测，犹未备也。儒者守宰理(15)而已。圣人通神明， 类万物， 藏之于《易》。呼吸图策⒃， 端几⒄至精， 历、律、医、占， 皆可引触， 学者几能研之几乎?智何人斯，敢曰通知，顾自小而好此， 因虚舟⒅师《物理所》， 随闻随决， 随时录之， 以俟后日之会通云耳，且以自娱。岁在昭易汁洽日至箕三⒆， 浮山愚者记。
(“四库全书”本《物理小识》卷首)
注释 ①“圣人制器”句——语本《易·系辞上》：“备物致用，立功成器以为天下利，莫大乎圣人。” ②摄——统摄。③以费知隐——费，指具体事物。隐，指隐藏于事物之中的道理。④重玄一实——玄而又玄的东西都存在于具体事物之中。⑤“是物物”句——意谓这是使物成为物、使神妙的变化所以产生的内在道理。⑥寂感之蕴——语本《易·系辞上》：“寂然不动，感而遂通天下之故。”蕴，蕴藏。⑦通几——贯通于一切事物内部的道理。⑧元会——指宏观宇宙。⑨螽蠕——螽(zhong)，螽斯， 一种害虫，体呈绿色或褐色，善跳跃。蠕，虫类爬动的样子。⑩质测——观察事物的形态，相当于后世的自然科学和应用科学。(11)宥(you)密——宏大深密。(12)遗物——抛弃具体事物。(13)合内外、贯一多——意谓既成己又成物， 贯通通几之学(一) 与质测之学(多)。(14)“万历”二句——指明神宗万历时，耶稣会传教士来到中国传播西方的自然科学知识。(15)宰理——治理教化，指有关社会科学理论。(16)呼吸图策——反复研究《河图》、《洛书》以及卦策。(17)端几——事物最精深的道理。(18)虚舟——方以智的老师王宣号虚舟子，著有《物理所》。(19)昭易汁洽日至箕三——明崇祯十六年(1643)太阳运行到和箕宿第三星同一经度，即公历12月27日前后。
赏析 方以智是明清之际的思想家和科学家，通晓中国传统自然科学和当时刚传入的西方近代科学，对天文、地理、历史、物理、生物、医药、文学、音韵等都有研究，形成自己独特的思想理论体系。《物理小识》共十二卷，包括天、地、历、风雷、雨旸、人身、医药、饮食、金石、器用、草木、鸟兽、鬼神、方术等多方面的研究，具有较高的学术价值和思想价值。
《自序》是《物理小识》一书的总体纲领，指出了全书的基本理论观点和研究方法，对于了解方氏学术思想有着重要意义。
序文开篇指出：“盈天地间皆物也。”这是方氏学术研究的基本观点。他认为：“事一物也”， “器固物也”， “心一物也”， “性命一物也”， “天地一物也”。总之，整个宇宙都是物质的。在这部著作中，他还指出： “一切物皆气所为也，空皆气所实也。”反对“离气以言理”、“离器以言道”的宋明理学。基于此，所有的存在物都是实实在在的，可以研究的，即使是“不可知”也能通过“可知”去迹近， “玄之又玄”者也可以通过实物来考察。这样，对万事万物的研究就有可能是真实的、透彻的，真理就是能够被发现和认识的。
在研究方法上，方氏提出“寓通几于质测”、“合外内、贯一多”。他强调“质测”(实验科学)的方法，反对“遗物”，认为只有“类其性情、征其好恶、推其常变”才能认识事物，而“舍物，则理亦无所得矣，又何格哉”!然而，他所说的“质测”与“通几”是不可分割的，是在哲学指导下的“质测”——实证。这又不同于西洋之学。他研究了利玛窦、艾儒略等传教士带来的西洋治学方法，批评他们“详于质测而拙于言通几”， “彼之质测，犹未备也”。这无疑是一种高明见解。方氏主张的“寓通几于质测”思想以及“以实事证实理、以前理证后理”的认识方法，在今天仍不失其科学价值。
方以智少年时代曾参加“复社”的活动，与陈贞慧、吴应箕、侯方域并称“明季四公子”，可以说是一位积极入世的人物。清兵入关， 为躲避清廷的搜捕走上了逃禅之路。他的一生广闻博学，无愧为一位杂家——通家。序文末尾，他表白了对学问的热衷： “自小而好此”， “且以自娱”。治学之路纵然辛苦，好知者乐在其中。
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